Исполнительными органами коллегии стали двенадцать подведомственных ей контор. Финансовая деятельность сосредоточивалась в трех из них (см. схему). В Казначейскую контору, во главе которой был казначей, поступали деньги из казны и из других источников (из Москвы, из провинций, а также средства от продажи и сдачи внаем судов, суммы от штрафов). Таким образом, в Российском флоте впервые появился самостоятельный финансовый орган. По указам Адмиралтействколлегий Казначейской конторой деньги отпускались на нужды флота и различных учреждений морского ведомства (в первую очередь другим конторам Адмиралтействколлегий). Цалмейстерская контора, которой руководил цалмейстер, получая деньги из Казначейской конторы, отвечала за раздачу жалованья чинам флота. Она же удерживала деньги из жалованья и взимала штрафы с морских чинов, возвращая эти средства в Казначейскую контору. Подрядная контора, начальником которой был оберкомиссар от подряда покупки, организовывала торги и руководила закупками для флота.

Все эти три конторы были подведомственны генералкригскомиссару, высшему хозяйственному руководителю в морском ведомстве. Являясь непосредственным начальником кригскомиссариатской конторы, он, помимо трех перечисленных, руководил также деятельностью Провиантской и Мундирной контор, функции которых раскрываются в их названиях. К финансовым делам флота была причастна Контролерская контора во главе с контролером, среди функций которой была ревизия материальной и денежной отчетности. «Кроме поименованных контор, существовала еще особая адмиралтейская контора в Москве. Она переименована была в 1722 г. из адмиралтейской канцелярии, остававшейся в Москве, по перенесении главного морского управления в СанктПетербург, и состояла сперва под начальством одного из советников коллегии, а потом с 1726г. велено для заведывания ею назначать одного доброго офицера с переменою. Контора сия исполняла все распоряжения адмиралтейской коллегии, как по хозяйственной части, так и в отношении прибывавших туда разных чинов морского ведомства, делала подряды и покупки разных вещей и материалов для адмиралтейства, принимала и доставляла в Санкт- Петербург деньги и провиант, собиравшиеся с провинций на содержание адмиралтейского ведомства, имела надзор за находившимися в Москве хозяйственными заведениями морского ведомства; через нее же посредство вносились представления адмиралтействколлегии в правительствующий сенат, пока последний находился в Москве». См. также: Первые оклады жалованья офицерам были введены в 1711 году Основание финансовой службы Военно-Морского Флота России Приказ воинского морского флота (создан в декабре 1698 года) Финансы и флот России. История и современность. Корабельное хозяйство XVIII в.: широкая коллегиальность управления